現在、私・妻・子供の３人家族ですが、
子供が私の子供ではないので、嫡出子否認の申立を行うのですが、
申立が認められた場合、子供の戸籍はどうなるのでしょうか？

区役所に聞いてみます。

区役所に聞いてみました。
母の戸籍に入ることになります。
離婚していれば、母の戸籍になります。
離婚していなければ、父親の欄が空欄になる
ということになります。

ご回答有り難うございます。